慢性前列腺炎根据病史、症状、直肠指诊、前列腺液检查等一般诊断并不困难，但对症状复杂、体征不典型者应与下列疾病相鉴别。
1、前列腺脓肿：大多数为急性细菌性前列腺炎的并发症，多发生在50～60岁，半数病人有急性尿潴留，尿频，排尿困难，直肠不适，尿道流脓，有的伴有附睾炎。直肠指诊前列腺病侧增大，触之软，有波动感。偶尔前列腺脓肿可自然向尿道破溃，也可向直肠破溃，被误认为直肠周围脓肿。
2、前列腺痛：这些患者表现为持续的尿频、尿痛、排尿困难，会阴、下腹、腰骶等部位疼痛不适，久坐、骑车后加重。直肠指诊检查两侧肛提肌压痛明显，前列腺触诊正常而无压痛。以往此症被称为梨状肌肛提肌症候群，前列腺液镜检正常，细菌培养无生长。
3、前列腺结核：症状与慢性前列腺炎相似，但常有泌尿系结核或其他部位结核病灶的病史，直肠指诊检查前列腺呈不规则结节状，附睾肿大变硬，输精管有串珠状硬结，前列腺液结核杆菌直接涂片或PCR检测有结核菌。
4、前列腺结石：指发生在前列腺腺泡内和腺管内的结石。与前列腺慢性
前列腺的位置炎症，前列腺液潴留，腺管狭窄，代谢紊乱等因素有关。无机盐如草酸钙、磷酸钙、磷酸镁等沉积在前列腺腺泡内的淀粉样体，上皮细胞和炎性渗出物上形成结石，患者可表现有慢性前列腺炎的各类症状，但直肠指诊检查可扪及前列腺有结石摩擦感，骨盆X线在耻骨联合区一侧有阳性结石影，超声波检查可在前列腺结石部位出现强光带，并有声影。
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